Quando si individuano i rapporti fra la Chiesa di Santa Maria Maddalena e l'Università dei Cartai occorre distinguere due cose: la proprietà della Chiesa e la devozione dei cartai verso la Santa eletta poi a patrona. La prima non è più antica di due secoli, l'altra esisteva già da tempi remoti. Non si comprende a prima vista, il rapporto tra i fabbricanti del candido foglio e una Santa, la quale oltre a non avere relazione con fogli di papiro, non sembra che sapesse scrivere. Forse influì sulla scelta la vicinanza della Chiesa ad alcune gualchiere che erano tra le più importanti. La tradizione ricorda come punto di partenza un miracolo: un'operaio che fu investito da una pesante pressa e che da tutti si credette schiacciato, mentre per intercessione della Santa invocata nel terribile momento, rimase incolume. Il miracolo è vero, resta da stabilirne la data. Un'indagine accurata di un ex voto delle dimensioni di mt 0,65 x 0,54 in carta granosa grigia conservato nella sacrestia della Chiesa, riporta in un angolo la data del 1599. In esso è raffigurato il prodigio. In alto a destra, la Santa tra le nubi; nel centro la pressa e l'operaio uscito illeso, già fuori della macchina e vestito con il costume quasi donnesco in uso nel '600; dall'altro lato un collega dell'inforunato contempla stupito la scena. Le tre lettere P. G. R. (Per Grazia Ricevuta), incise nel centro, danno al dipinto un carattere senza dubbio di spontaneità, come un ringraziamento dell'operaio salvato alla sua benefattrice. Alla fine del '600 o inizio del '700 il miracolo fu riprodotto nello stendardo dell'Arte un'unica forma più rappresentativa che va a danno della spontaneità. Il provvedimento del libero comune di Fabriano, per cui nella metà del '400, il 22 luglio fu dichiarato festivo, non può che giustificarsi nella devozione dei cartai verso Santa Maria Maddalena. Questa avrebbe quindi avuto origini remote seppure non coincidenti con la prima istituzione dell'Arte. Il miracolo del 1599 infervorì tale devozione fino ad assumere la penitente di Magdala a protettice dell'industria cartaria e particolarmente della Pia Università con carattere di ufficialità di cui è chiaro documento lo stendardo dell'Arte. Di qui la richiesta dei Cartai di Fabriano avvenuta nel terzo decennio del secolo XIX al sommo pontefice Gregorio XVI e da questi accolta, onde nell'udienza del 23 marzo 1839, cedeva la Chiesa di Santa Maria Maddalena all'Università dei cartai di Fabriano, perchè "la uffici come da tempi remoti hanno fatto".
La Chiesa è ricca di opere d'arte; tra le più importanti ricordiamo: sulla parete destra un affresco di mt 3 x 1,40 diviso in tre scomparti del maestro di Campodonico del dicembre 1366. Sull'altare maggiore la tela raffigurante Santa Maria Maddalena dipinta dal Gentileschi, nel 1620.